В мире на сегодня практически единственная программа для конвертации мультимедиа - это ffmpeg.
Скачать можно тут
http://ffmpeg.zeranoe.com/builds/
Программа представляет из себя утилиту для командной строки и существует под все операционные системы.
То есть там некуда мышкой тыкать. Библиотеки от ffmpeg типа libavcodec так или иначе используются в разных программах, камерах, медиасерверах, квадрокоптерах и пр.
Наверняка существуют программы (GUI / графический интерфейс) в которых можно мышкой выбрать что во что конвертировать, параметры, а потом эта программа запускает ffmpeg с заданными параметрами.
Но мне это не нужно, я запускаю ffmpeg из командной строки (старая школа).
Например есть файл kino.mkv и надо сделать стандартный mp4 (AVC/H.264 со звуком AAC).
Допустим ffmpeg.exe находится в некой папке вместе с файлом kino.mkv, открыта командная строка и эта папка выбрана как working directory.
Достаточно набрать команду
ffmpeg.exe -i kino.mkv kino.mp4
Конвертация будет долгой.
Например если кодек видео (AVC/H.264) и звука (AAC) устраивает и нужно только быстро переделать .mkv в .mp4 без пережатия, то набираем такую команду
ffmpeg.exe -i kino.mkv -c:v copy -c:a copy kino.mp4
С помощью ffmpeg можно сделать почти что угодно, сделать видео из отдельных картинок, сгенерить скриншотов, вырезать куски видео быстро без пережатия и пр.
Конечо в ffmpeg есть и глюки и некоторые задачи лучше делать другими программами.
Но почти все программы такого рода выполняются из командной строки.